提取+建库！FFPE样本文库制备一站式解决方案！
肿瘤样本是检测基因突变的载体，世界肿瘤发病率居高不下，而医院的低温储存设备捉襟见肘，福尔马林浸泡，石蜡包埋的样本（FFPE）能在常温长时间储存，更受广大临床医生欢迎。据统计，世界各地医院积攒了约4亿FFPE样本，但是福尔马林的固定、石蜡高温浸入、较长保存时间都会导致DNA的交联和不同程度降解，如何从这些海量样本中提取高质量DNA，然后建库测序并分析成为了棘手问题。翌圣生物深耕生命科学领域多年，基于自身深厚的工具酶技术和经验积累，为FFPE DNA的NGS检测提供完整解决方案。
图1. FFPE DNA实验、分析
FFPE DNA提取
FFPE DNA提取需经历脱蜡、酶消化、DNA提取共3个步骤。经过潜心优化和精心打磨，翌圣重磅推出FFPE DNA提取试剂盒——MolPure® Magnetic FFPE DNA Kit（鄂汉械备20210919号）。在FFPE脱蜡步骤中，目前市场上常用的脱蜡方式是二甲苯，其强烈刺激性气味，强烈刺激人体食道和胃，并引起呕吐，本试剂盒采用无毒脱蜡液取代二甲苯脱蜡功效，为实验人员健康保驾护航；在酶消化步骤中，翌圣采用精心优化提取体系，确保蛋白酶K能充分消化蛋白和相应核酸酶，保证DNA最大程度释放和不被核酸酶消化，这一点直接体现在最终DNA产量上面。结果显示，翌圣提取总量最高。
图2. 各试剂盒提取FFPE DNA结果
FFPE DNA文库构建
1 酶切法建库
图3. 文库产出（50ng FFPE DNA）
图4.文库测序下机结果
2 建库接头
图5. UDI识别index hopping的原理
3 DNA磁珠
磁珠纯化是建库关键环节之一，Hieff NGS® DNA Selection Beads基于SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization)原理，通过精心优化过的缓冲体系，可用于DNA文库片段分选、纯化，和目前广泛使用的AMPure XP Beads使用方式相同，片段回收效率和文库大小分布均高度吻合，因此可无缝替代AMPure XP Beads，有效降低建库成本。
表1.不同品牌磁珠在不同比例下回收效率比较
|
磁珠比例 |
Input DNA (ng) |
Yeasen |
Be* |
Va* |
Vd* |
Tr* |
|||||
|
回收量(ng) |
回收率 |
回收量(ng) |
回收率 |
回收量(ng) |
回收率 |
回收量(ng) |
回收率 |
回收量(ng) |
回收率 |
||
|
1.8× |
535 |
534.4 |
99.89% |
524.8 |
98.09% |
518.4 |
96.90% |
566.4 |
105.87%* |
534.4 |
99.89% |
|
1.2× |
518.4 |
96.90% |
537.6 |
100.49%* |
521.6 |
97.50% |
528 |
98.69% |
505.6 |
94.50% |
|
|
0.8× |
499.2 |
93.31% |
406.4 |
75.96% |
416 |
77.76% |
464 |
86.73% |
425.6 |
79.55% |
|
|
0.6× |
326.4 |
61.01% |
翌圣生物科技（上海）股份有限公司 商家主页地 址： 上海市浦东新区天雄路166弄一号楼三层南单元 联系人： 李自转 电 话： 400-6111-883、021-34615995-8075 传 真： 021-34615995-188 Email：lizizhuan@yeasen.com 相关咨询Nature！IF 50.5！清华大学张二荃团队首次揭示了RUVBL2调控真核生物钟的分子调节机制！ (2025-05-28T00:00 浏览数:14180) 邀请函 | 相约南京，翌圣邀您共赴CGCS 2025! (2025-05-28T00:00 浏览数:11930) 邀请函 | 定了！28-29日！苏州！A22-2展位！ (2025-05-28T00:00 浏览数:8082) 试用 | LAMP非特异性扩增克星来了！Tte UvrD Helicase让结果更纯净 (2025-05-19T00:00 浏览数:15301) 巨噬细胞清除小课堂 | 第四课：肠道 (2025-05-19T00:00 浏览数:16618) B细胞的体外扩增培养及细胞因子的作用 (2025-05-19T00:00 浏览数:19059) 精品推荐 | 小核酸药物候选分子筛选解决方案 (2025-05-19T00:00 浏览数:19443) AAV实心率飙升200%！Hieff Trans新型基因递送系统，让病毒产能‘质变’突围 (2025-05-19T00:00 浏览数:16545) 打破进口依赖！翌圣限制性内切酶，开启科研新篇！ (2025-05-19T00:00 浏览数:16583) 支原体污染：实验室的隐形威胁与翌圣生物的解决方案 (2025-05-19T00:00 浏览数:17633) ADVERTISEMENT
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